四極桿質(zhì)譜儀通過搭配不同的離子源，四極桿質(zhì)譜儀則作為一般的分析化學(xué)工具使用，同時也可作為直接測量儀器使用。尤其在長期測量中，四極桿質(zhì)譜儀產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量要顯著小于其他并行測量質(zhì)譜(飛行時間質(zhì)譜等)。

  由于四極桿質(zhì)譜儀的解析能力偏低，因此在確定未知物質(zhì)時的能力有所欠缺。通過多級質(zhì)譜，離子在兩組四極桿系統(tǒng)中間通過獨(dú)立的腔體進(jìn)行裂解操作。由此對特定質(zhì)量的離子所產(chǎn)生的碎片進(jìn)行分析，可得到該離子的結(jié)構(gòu)信息。

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